プレプリントサーバーとその活用法の紹介―bioRxivの利用法3

プレプリントサーバーbioRxivの利用法の第3回です。前回紹介したように大学や大学院、そして研究室での論文ゼミでbioRxivを活用しているところが増えています。出版される前に論文を読めるというメリットの他に、その論文を査読(レフリーをする)することを体験できますし、その論文がその後どのように印刷出版されるかをたどっていくと、レフリーとのやりとりなども追跡できるので研究者の卵にもとても勉強になります。以下のサイトをみるととても役立つと思いますのでご覧ください。

まず一番のおすすめは、preLights A というサイトです。これはプレプリントのハイライトサービスで、雑誌Journal of Cell ScienceとかDevelopmentとかを出版しているThe Company of Biologistsがスポンサーになっているサービスです。生物関係のおすすめのプレプリントを教えてくれるサービスですので是非使ってください。今日みてみるとテントウムシの模様のできるメカニズムのゲノムからの解明などの研究がハイライトされています。ハイライトの一覧は、ここにハイライトされているプレプリントへのリンクがありますのでブックマークしてください。

biOverlay はプレプリントサーバーにある論文を、独自に(勝手に)選んで勝手に査読してその結果を公開しています。こういうのをoverlay journalというのだそうです。査読の仕方の勉強にもなりそうですね。ご覧ください。

Peer Community Inというのも面白いアイデアです。著者はプレプリントサーバに原稿をアップロードした後、こちらのサイトにも原稿を読んでもらうよう依頼します。こちらのサイトが原稿を独自に査読にまわすかどうか決めて、査読にまわされれば匿名のレフリーが査読します。査読がOKになったらこのサイトで推薦の辞つきで公開されるというわけです。これで著者が得心したら論文としてdoiもわりふられて業績になるという仕組みです。著者がちゃんとしたjournalに投稿するのも問題ありません(このへんの仕組みの図と詳しい説明がここにあります)。推薦の辞はプレプリントだけではなく、すでに公開されている論文についても書かれることがあるようです。
投稿できる分野は進化生物学、生態学、古生物学となっています。以下にリンクがあります。

 Peer Community in Evolutionary Biology, Peer Community in Ecology or Peer Community in Paleontology

写真は、散歩の途中で写真をとってくれと、せがんでいるように声をかけてきたスズメの子です。人を怖がらず、写真をとっている間ずっとポーズしていろんな方向をむいたりしてくれていました。数日前からヒグラシも鳴きはじめ季節が進んでいます。

 

 

プレプリントサーバーを利用した論文紹介ゼミのすすめ―bioRxivの利用法2

土曜日にサイトのテーマを携帯対応のものに変えました。携帯でアクセスする方は、携帯を横にしてみてもらうと見やすいと思います。

If you want to be one year behind, don’t read bioRxiv– Jeff Leek

今日は5月23日のプレプリントサーバーの紹介に続く記事です。上の言葉は生物統計学などで多くの論文を出しているJeff Leek先生の言葉だそうです。論文投稿前のプレプリントをプレプリントサーバーに投稿していろんな人に読んでもらい、同時に引用できるようなdoiも取得した上で改訂して適当な雑誌に投稿するという人が増えています。また大学や研究室の論文セミナーで、雑誌にでた論文を選ぶのではなく、プレプリントサーバーにアップロードされた論文を選んで紹介するという新しいスタイルの論文紹介ゼミも盛んになっているようです。雑誌に出る論文より一年以上早く最新の成果を把握できることも多いので、PubMed検索だけではなく、プレプリントサーバーの検索も習慣にすることをお奨めします。

論文紹介ゼミでは、プレプリントサーバーにアップロードされた論文を読んで紹介し、論文のレフリー(査読者)になったつもりで内容を批判し吟味します。皆で検討した結果を著者にメールなどで連絡して原稿の改善に役立ててもらうというわけです。
こうしたプレプリントのゼミをやると、研究生活の早い時期に論文のレフリーの役割を学べます。著者への連絡がとても役立ったということで、論文を雑誌に投稿するときに謝辞に名前を書いてもらった学生もいるそうです。
今までレフリーになるのは、博士課程の学生で先生のお手伝いで協力するとか、査読を依頼されたときにレフリーの経験の多い先生に教えてもらうなどしかチャンスがなかったのですが、プレプリントサーバーで原稿が読めるようになったおかげで、学部学生や修士の学生でもレフリーの勉強ができるようになったわけです。米国ではプレプリントをつかったレフリーの練習も盛んになっているとのことです。皆さんも是非お試しください。これはpreprint reviewといいますが、これについてはこのリンクも参考になります。

線虫C. elegansの最近のプレプリントで面白そうなのにこんなのがあります。 配偶子幹細胞ニッチについてのKimbleラボの論文と、ノーベル賞をとったMelloさんのところのCRISPRを用いたゲノム編集の新手法の論文です。

C. elegans germ cells divide and differentiate along a folded epithelium

Hannah S Seidel, Tilmira A Smith, Jessica K Evans, Jarred Q Stamper, Thomas G Mast, Judith Kimble

PubMed以外の便利な論文の探し方―ナショナルバイオリソースプロジェクトでも使っているサイトTextpressoの使い方1

近畿地方の皆様、昨日の地震の被害をお見舞い申し上げます。余震も続いていて昨夜も二回ほど激しい揺れがあったそうですが、どうぞ皆様お疲れがでませんように。
私達のところでも熊本地震や以前の玄海地震など、大きな地震とその後の余震では、夜もぐっすり寝られず疲れたのを思い出します。熊本のときは、緊急地震速報が町内のスピーカーから深夜に何度もながれて特に疲れました。玄海地震以降、私は実は今でも夜寝る時には、ポシェットに財布や携帯、手帳をまとめていれておいてLEDの懐中電灯をポシェットにつきさして寝ています。玄海地震ではあと数秒揺れが続いたら家が倒壊するなと思ったのを思いだします。

阪大でも建物にひびがはいっているそうですが、九大でも玄海地震のときは建物にひびが入ったり、医学部のサンプルが壊れたり、理学部の建物の間の渡り廊下がずれたりと、ひどい被害をうけました。その後、本棚から本がとびでたり、パソコンが揺れで落ちたりしないようにと対策をやかましくとるように指導され建物の補強などもすすみましたので、すこしは耐震性は向上したと思います。まだガスや水道がとまっているところも多いそうですし、大学も休校しているところが多いとのことです。どうぞ体力温存第一でお過ごしください。
さて今日は簡単に、文献検索サービスのTextpressoを紹介しておきます。

PubMed以外の論文検索法 Textpressoの使い方1

極めて精度の高い論文検索サービスにTextpressoがあります(このサイトは2018年末には廃止される予定で、最近改良されてTextpresso Centralになっています。) とりあえずは古い方のサイトをいろいろ使ってみることをお奨めします。リンク集にも線虫版のTextpressoは紹介してありますが、酵母やショウジョウバエ、ゼブラフィッシュ、マウス、カエルその他いろいろな文献を検索することができてとても便利です。日本が世界に誇るナショナルバイオリソースプロジェクト(パンフレットのリンクはここ)の一つであるナショナルバイオリソースプロジェクト線虫(遺伝子破壊株だけでなくバランサーやCreのラインなども続々提供中)では、取得した遺伝子破壊株がどのように活用されているかを調査する目的で、論文をTetpressoで検索して把握しています。私も今、論文を書いていますがこのサービスを活用してデータのチェックやっています。 Textpresso Centralの方の使い方は後日このサイトで紹介しますのでお楽しみに。(写真は今朝道端に咲いていたツユクサです)

日本の糖鎖科学ロードマップが発行されました!

以前の記事(2018年5月9日)でお知らせしていた日本版の糖鎖科学研究のロードマップ
未来を創るグライコサイエンスー我が国のロードマップー」が完成して発行されました。6月初めに自宅に届いたのですが、入手法を問い合わせていたのでご案内が遅れました。入手法が公開されましたとの案内が今日届きましたのでお知らせしておきます。

日本糖鎖科学コンソーシアム(JCGG)のホームページ(→)から一冊1000円(送料はJCGGが負担)で購入できますので上のホームページのリンクから申し込んで是非ご覧ください。

糖鎖科学を学ぶ人、糖鎖科学の将来や応用を考える人、医学研究者や医療従事者、糖鎖に関心のある事業家など、糖鎖科学に関心のあるすべての方の必携の参考書です。英語版も以下のタイトルでSpringer-Natureから発行されます。
Glycoscience Application and Basic Science :Insights from Japan Consortium for Glycobiology and Glycotechnology

日本語で読めますのでまず日本語版を購入されることをお奨めします。

湖でボートが出火!消防が来るのには25分はかかる状況下での消火法とは?

今日は有名なビデオを紹介しておきます。ラボ内ホームページで学生さんに紹介していたビデオですが、twitterでも話題になったニュージーランドの湖での火災消火のビデオです。ビックリする方法ですよね。ボートには燃料タンクが積んであったそうで、危機一髪だったそうです。

別の角度からみた動画もここにあります。とっさの頭の使い方の例です。
この事件を報じたニュージーランドの報道はここにあります。消火にいったボートにとっても危険な救助法で、もっと大惨事になったかも、という批判もありますが、
But Riwai Grace, a shift manager at one of New Zealand’s Fire Service communications offices, said he thought the rescue was “ingenious.”だそうです。

下の写真は散歩の途中でみかけた ねむの木です。梅雨の晴れ間にきれいに花が咲いていました。

 

生命科学系論文の探し方―PubMedの定期的検索

以前、PubMedの使い方について書きました。そこでふれていなかった一定の検索キーワードを決めておいて、検索を毎日定期的に行う方法について研究室内専用のホームページに書いていたものをアップデートして掲載しておきます。皆さんも自分のキーワードを組み合わせて定期的に論文検索をしてみてください。

PubMedのデイリー検索の設定法:
PubMedの文献データベースに、同じ検索式で毎日検索をかけて新しい論文を教えてくれるサービスの設定方法を説明します。まだやっていない人は試して下さい。

1) まず各自の利用しているブラウザでRSS(サイトのアップデート情報などを提供するサービス)を受信できるように設定してください。Firefoxの最新版を使う場合は、RSS リーダーの機能拡張(アドオン)である「Brief」をいれておいてください。(Brief以外の各自のお好みの機能拡張を使っても良いです。私はFirefox ESRをまだ使っているので古いSageという機能拡張を使っています。CromeやIEなど別のブラウザでは適当にお好みのRSS readerを設定してください。)

以下は最新版のFirefox quantum での、Briefのインストールの仕方です。Firefoxの一番上にあるメニューからツールを選び、その中からアドオンを選び、「機能拡張」を選んで右上の検索画面にBriefといれて検索します。

下図のようにBriefが見つかったら、Briefのアイコンをクリック。
下図のような画面が出ますので「+Firefoxへ追加」ボタンをおして、インストールすると使えるようになります。
上手くいくと、右上にBriefのアイコン(下図の矢印で示した音波のようなマーク)が表示されます。
これでBriefの利用準備は完了です。

2) 次に検索してRSSフィードを登録しましょう。
まず文献検索データベースのPubMedにいって、自分が毎日検索したいキーワードを並べた検索式を検索窓に入れて検索を行います。
たとえば、elegans AND (glyco OR sugar OR transferase OR proteoglycan OR fatty OR fat OR division OR meiotic OR meiosis OR lipid OR sphingo) AND 2003[EDAT] : 2018[EDAT]とすると、2003年から2018年までの論文で elegansを含みかつ以下のどれかのキーワード(glyco またはsugarまたはtransferase またはproteoglycanまたはetc etc)を含むものが検索されます。各自、自分にあったキーワードに変えてみてください。検索式内のANDとORと「かっこ」をうまく使うと検索式を自分用にカスタマイズできます。
検索式を入力してSearchボタンを押して検索が終わると、結果がでてきます(下図)。

 

検索結果のページの上のほうにある検索式をいれた検索窓の下(上図で指さしマークを付けてある部分)にCreate RSSと書いてあります。ここをクリックすると、下図のようなポップアップがでてきます。
結果の表示数を選ぶ箱(Number of items displayed)があって、

Feed name:の部分に検索式が書いてあるのが見えるでしょう。表示を15以上にしたければプルダウンで数を増やしておきます。OKならCREATE RSSボタンを押すとRSS feedのポップアップができます(下図)。

 

次にこのポップアップのXMLと書いてあるボタンをクリックします。開いたページ(下図)で、真ん中よりすこし右くらいにあるBriefのマークをクリックするか、それが見あたらなければ真ん中の「」の記号を図のようにクリックしてプルダウンメニューの下の方に表示されるBriefのマーク(下図の矢印のSubscribe―購読―とある部分のマーク)をクリックします。
これでRSSフィードがBriefに追加されました。うまく追加されると、一番右にあるBrief マーク(下図の矢印)に数字が入ったら成功です。
3) では、サイトの内容をみてみましょう。まず上の図の数字付のBrief マークをクリックすると、Briefの操作パネルが表示されます(下図)。

図はヘッドライン表示となっており、PubMedの最初の15件のヒットが論文の表題で表示されています。アブストラクトなど詳しいことを知りたいときは、図の矢印で示した、長方形が二つ重なっているマークをクリックすると、アブストラクトも含めて表示されます。
これで毎日、自動でBriefが検索式をPubMedにアクセスして新しい論文があれば教えてくれます。フィードはブラウザ起動中は自動でチェックされ、チェックする間隔は分、時間単位で決めることができます(設定メニュー)。

それから、もっと別の検索式を設定して、同時に2つ以上のPubMed検索を毎日行うことも簡単です。是非、まだやっていない方はお試しください。

科学の本を無料でダウンロードして読める日本のサイト「科学図書館」の紹介です。

栗の花が散ると二日後には梅雨に入るといわれているそうです。
気象台の梅雨入り宣言の後も、晴天が続いていましたが、栗の花が散り始め、福岡も今日は梅雨の雨がふりしきっていて、アジサイがとてもきれいです。
(写真は梅雨入り宣言後の晴天続きの夕日と数日前に散り始めたクリの花です)

今日はInternet Archiveではなく、科学図書館という日本のサイトを紹介します。私のホームページのリンク集には開設当初からいれているサイトです。数学、物理学、天文学、哲学などさまざまな名著が日本語で無料で読め、ダウンロードできます。サイトとこの素晴らしいサイトを作成している方については、ここに紹介記事があるのでご覧ください。アップロードしてある著作はすべてサイト作成者のかたがLATEX 2εで組んで編集した後にpdfにしてアップロードされているそうです。このため、本文の内容を検索することも自由にできるようになっています。、例えばポアンカレの「科学の価値」(田辺元訳)のpdfをダウンロードしてきたら、本文の全文検索がpdfで可能です。これは極めて便利です。そのほか、本文内に注を入れてくださっていたり、様々な心遣いに感動しますよ。是非このサイトをご利用ください。
実は後日紹介しようと思っていますが、ポアンカレの「科学の価値」(田辺元訳)は、国立国会図書館デジタルコレクションで、ポアンカレと検索窓にいれればでてきて(リンクはここ)、画像を全コマ ダウンロードできます。pdfにしてくれるのですが、画像pdfなので検索はできません。
他にこの国立国会図書館のサイトには、ポアンカレの「科学の方法」や「科学と仮説」(「科学と臆説」というタイトル)などもありますが、これは全コマダウンロード不可で、50ページづつしか印刷pdfにできないなどきわめて不便です。

この科学図書館のサイトにある外国の名著の翻訳では、今紹介したフランスの数学者 アンリ・ポアンカレの「科学の価値」の他、
ハーヴェイの 「動物の心臓ならびに血液の運動に関する解剖学的研究」
パストゥール 「自然発生説の検討/自然発生について」
ダーウィン 「人及び動物 の表情について」
アーレニウス 「史的に見たる科学的宇宙観の変遷」〔改訂版〕
オストヴァルト 「エネルギー」
ヘッケル 「宇宙の謎」【改訂版
ディーツゲン 「一労働者の観たる人間頭脳の働らきの性質」
その他、様々な講演録、伝記などがそろっています。また
日本の名著もいろいろそろっています。(以下敬称略)
寺田寅彦の「物理学序説」もありますし、
九州大学工学部に助手としておられ、その後 東京に移られて東京工業大学助教授をつとめられていた科学史家、天野清の「量子力学史」、「熱輻射論と量子論の起源」、「熱輻射史」その他の業績も無料でダウンロードして読めます。(将来を嘱望されていた天野清は残念なことに、昭和20年4月の東京大空襲で亡くなりました。)

その他、様々な先達の著作(天文学、物理学、哲学、数学史など―石原純、九大の教授だった桑木彧雄の業績、戸坂潤、村田全や小倉金之助の著作、三浦梅園の著作などいろいろ)が読めます。是非ご覧ください。

スマホのGPSは圏外でも使える!山の中で道に迷わないために登山用アプリを利用しよう!

今日は温度は少しあがりましたが湿度が低くてあまり暑くは感じませんでした。快晴で山がとてもきれいに見えて散歩していると鶯の声もきこえて、のどかな一日でした。以前紹介した花の咲いていたリンゴの木に実がなっていました!ホタルも先週から沢山舞っています。

私の住んでいるところは山登りのコースの近くなのですが、ちょっと山のほうにいくと、携帯は残念ながら圏外になって通話できません。でもGPSは圏外でも使えるんですね。これは知りませんでした。昨日、ネットニュースにでていたので早速 携帯を機内モードにして使ってみましたが、Googleマップで現在位置を表示させてすぐ機内モードにすると、地図がキャッシュされている間は、バスで移動中もちゃんと現在位置が正確に表示されていました。ネットにはつながっていないので、しばらくするとネット接続が必要なGoogle Mapは使い物にならなくなりますが、確かに機内モードでもスマホのGPSは動いていました!

登山する人は、登山用アプリの「ジオグラフィカ」をダウンロードして使うといいそうです。これは国土地理院の地図をダウンロードした上でキャッシュしてつかうので、携帯が圏外になっても自分のいる位置がGPSでちゃんと表示されます。iPhone版とAndroid版があります。(GPSのついていないiPadとかではもちろん使えません。)

詳しくはここに開発者の方が紹介しているページもありますので、アプリのページとともにご覧ください。携帯によってGPSの精度が悪いものとよいものがあるそうで本番前にチェックしておくなどの注意が必要ですが、とても便利なアプリのようです。私もこんどの山歩きには試してみようとおもいます。

(2018.10.15 追記) いろいろ使ってみて、これはいいソフトだと思いました。ここに書いたように (2018,8,16の記事)いろんな場所の海抜とかも簡単にわかりますし、ウオーキングの時にはトラックモードにしておくと、歩いたコースが地図上に表示され、さらに上った高さ、下った高さ、歩いた距離、速度、消費カロリーなども表示できます。最近旅行にいったのですが、ケーブルカーに乗っているとき高度が刻々と変化するのをみて遊んでいましたし、山頂での山歩きには必須のソフトでした。無料版で十分役立つソフトですが、あまり良いソフトなので私は購入しました。iphone版で960円でした。